Dos semanas después de los eventos de Batman: Arkham City, varios oficiales de GCPD desaparecen repentinamente. La culpable parece ser Harley Quinn, que escapó de la custodia y sufrió un estrés mental extremo después de su reciente pérdida. Ahora se ha apoderado del distrito industrial del antiguo sitio de Arkham City, en el que Batman se infiltra y finalmente se captura para que Robin venga a rescatarlo, y juntos, pueden detener a Harley y salvar a la policía antes de que termine la noche.