Due settimane dopo gli eventi di Batman: Arkham City, diversi ufficiali del GCPD scompaiono improvvisamente. Il colpevole sembra essere Harley Quinn, sfuggita alla custodia e sottoposta a uno stress mentale estremo a seguito della sua recente perdita. Ora ha preso il controllo del distretto industriale del vecchio sito di Arkham City, in cui Batman si infiltra e alla fine viene catturato, così Robin verrà in suo soccorso e insieme potranno fermare Harley e salvare la polizia prima che la notte sia finita.