Duas semanas após os eventos de Batman: Arkham City, vários oficiais do GCPD desaparecem repentinamente. O culpado parece ser Harley Quinn, que escapou da custódia e passou por um estresse mental extremo após sua recente perda. Ela agora assumiu o distrito industrial do antigo local de Arkham City, onde Batman se infiltra e acaba sendo capturado para que Robin venha em seu resgate e, juntos, eles podem parar Harley e salvar os policiais antes que a noite acabe.