El juego se desarrolla después de los eventos de BlazBlue: Calamity Trigger. Han pasado unos días desde la incursión denunciada por Ragna the Bloodedge. Con el NOL sin ofrecer una explicación oficial, los ciudadanos expresan sus propias teorías, exagerando y difundiendo rumores como la pólvora. Completamente indiferente al estado de la ciudad, Ragna espera la oportunidad de lograr su verdadero objetivo, y entonces, el enorme "poder" que ha atrapado a Ragna comienza a activarse.