Il gioco è ambientato dopo gli eventi di BlazBlue: Calamity Trigger. Sono passati pochi giorni dalla denunciata incursione di Ragna the Bloodedge. Con il NOL che non offre alcuna spiegazione ufficiale, i cittadini danno voce alle proprie teorie, esagerando e diffondendo voci a macchia d'olio. Completamente indifferente allo stato della città, Ragna attende la possibilità di raggiungere il suo vero obiettivo, e poi, l'enorme "potere" che ha intrappolato Ragna inizia ad attivarsi.