Durante la guerra devastadora descrita en el predecesor de este juego, StarLancer (2000), entre las dos futuras superpotencias de la Tierra: Western Alliance y Eastern Coalition, la Alianza perdedora envía, desesperada, cinco naves espaciales interplanetarias colosales al espacio exterior para encontrar un nuevo mundo lejano para colonizar y vivir allí en libertad. Solo cuatro barcos lo logran. Encuentran varios planetas habitables, dividen el territorio entre ellos, forman cuatro Casas para gobernar estos nuevos mundos y crean grandes comunidades similares a los países de donde vinieron los colonos. 800 años después, los problemas comienzan de nuevo cuando estalla una guerra sin causa entre dos de las casas y un misterioso grupo terrorista conspirativo llamado The Order comienza a jugar su propio juego. Edison Trent, un escéptico piloto de nave espacial independiente, es uno de los pocos que sobrevivieron al ataque terrorista de la Orden en una estación espacial orbital. Trent y los otros supervivientes son enviados a Liberty, una ciudad central en un planeta cercano colonizado por los colonos de ...