Durante a guerra devastadora retratada no predecessor deste jogo, StarLancer (2000), entre as duas futuras superpotências da Terra - Western Alliance e Eastern Coalition, a Aliança perdida envia, em desespero, cinco colossais naves espaciais interplanetárias para o espaço sideral para encontrar um novo mundo distante para colonizar e viver lá em liberdade. Apenas quatro navios conseguem. Eles encontram vários planetas habitáveis, dividem o território entre eles, formam quatro Casas para governar esses novos mundos e criar grandes comunidades semelhantes aos países de onde os colonos vieram. 800 anos depois, os problemas começam novamente quando uma guerra sem causa irrompe entre duas das casas e um misterioso grupo terrorista conspiratório chamado The Order começa a jogar seu próprio jogo. Edison Trent, um cético piloto autônomo de nave espacial, é um dos poucos que sobreviveu ao ataque terrorista da Ordem a uma estação espacial orbital. Trent e os outros sobreviventes são enviados para Liberty, uma cidade central em um planeta próximo colonizado pelos colonos de ...