Durante la guerra devastante rappresentata nel predecessore di questo gioco, StarLancer (2000), tra le due future superpotenze della Terra - Alleanza occidentale e Coalizione orientale, l'Alleanza perdente invia, disperata, cinque colossali astronavi interplanetarie nello spazio per trovare un nuovo mondo lontano a cui colonizzarli e viverci in libertà. Solo quattro navi ce la fanno. Trovano diversi pianeti abitabili, dividono il territorio tra di loro, formano quattro Case per governare questi nuovi mondi e creano grandi comunità simili ai paesi da cui provenivano i coloni. 800 anni dopo, i problemi ricominciano quando scoppia una guerra senza causa tra due delle case e un misterioso gruppo terroristico cospiratorio chiamato The Order inizia a giocare al proprio gioco. Edison Trent, uno scettico pilota di astronavi freelance, è uno dei pochi sopravvissuti all'attacco terroristico dell'Ordine a una stazione spaziale orbitale. Trent e gli altri sopravvissuti vengono inviati a Liberty, una città hub su un pianeta vicino colonizzato dai coloni di ...