En 1973, Gamera sacrifica su vida para librar al mundo de los Gyaos de una vez por todas. Treinta y tres años después, un niño pequeño, cuyo padre fue testigo del evento de 1973, llamado Toru, encuentra un huevo misterioso. De ella, nace una pequeña tortuga. Toru y sus amigos crían a la tortuga, que resulta ser una pequeña Gamera. Después de que una nueva criatura devoradora de hombres llamada Zedus aparece en Japón, depende del pequeño Gamera salvar el mundo como lo había hecho antes el Gamera anterior.