Em 1973, Gamera sacrifica sua vida para livrar o mundo dos Gyaos de uma vez por todas. Trinta e três anos depois, um menino cujo pai testemunhou o evento de 1973, chamado Toru, encontra um ovo misterioso. A partir dele, nasce uma pequena tartaruga. Toru e seus amigos criam a tartaruga, que acaba por ser um pequeno Gamera. Depois que uma nova criatura comedora de gente chamada Zedus aparece no Japão, cabe ao pequeno Gamera salvar o mundo como o Gamera anterior havia feito antes.