Basado en el anime cyberpunk del mismo nombre. Los juegos tienen lugar en el año 2030, entre las historias contadas en Kôkaku kidôtai: Stand Alone Complex (2002) y Ghost in the Shell: S.A.C. 2do GIG. La mayor Motoko Kusanagi debe descubrir la verdad detrás de un caso misterioso conocido solo como T.A.R.