Ambientada en el año 2126, Lone Echo presenta a los jugadores en el papel de un androide del servicio ECHO ONE apodado "Jack", a bordo de la estación minera Kronos II que orbita Saturno. Cuando una misteriosa anomalía espacial destruye algunos de los sistemas vitales de la estación, Jack y la tripulante humana Olivia Rhodes trabajan juntos para reparar el daño e investigar el misterioso fenómeno.