Ambientato nell'anno 2126, Lone Echo lancia i giocatori nel ruolo di un androide del servizio ECHO ONE soprannominato "Jack", a bordo della stazione mineraria Kronos II in orbita attorno a Saturno. Quando una misteriosa anomalia spaziale mette fuori uso alcuni dei sistemi vitali della stazione, Jack e il membro dell'equipaggio umano Olivia Rhodes lavorano insieme per riparare il danno e indagare sul misterioso fenomeno.