La Tierra está siendo atacada por máquinas de Júpiter llamadas Jovian Lizards, la última esperanza de la Tierra puede ser el Nadesico, una nave espacial muy avanzada creada por una gran corporación. Uno de los miembros de la tripulación, Atiko Tenkawa, un chef / piloto, aparece y descubre que su amiga de la infancia, Yurika Misumara, es la capitana. Yurika está enamorada de Akito, pero otros miembros de la tripulación también lo aman, presentando a Yurika con competencia. Akito, sin embargo, no está interesado en ninguna de las chicas, debido al hecho de que está ocupado cocinando y tratando de lidiar con un trauma pasado. Pronto, la tripulación descubre que los Lagartos no son lo que parecen y pueden tener más enemigos de los que esperaban.