A Terra está sendo atacada por máquinas de Júpiter chamadas Jovian Lizards, a última esperança da Terra pode ser a Nadesico, uma nave espacial altamente avançada criada por uma enorme corporação. Um dos membros da tripulação, Atiko Tenkawa, um chef / piloto, aparece para descobrir que sua amiga de infância Yurika Misumara é o capitão. Yurika tem uma queda por Akito, mas outros membros da tripulação o amam também, apresentando Yurika com competição. Akito, porém, não está interessado em nenhuma das garotas, pelo fato de estar ocupado cozinhando e tentando lidar com um trauma do passado. Logo a tripulação descobre que os Lizards não são o que parecem e podem ter mais inimigos do que esperavam.