La Terra è attaccata da macchine di Giove chiamate Jovian Lizards, l'ultima speranza della Terra potrebbe essere il Nadesico, un'astronave altamente avanzata creata da un'enorme società. Uno dei membri dell'equipaggio, Atiko Tenkawa, uno chef / pilota si presenta per scoprire che la sua amica d'infanzia Yurika Misumara è il capitano. Yurika ha una cotta per Akito, ma anche gli altri membri dell'equipaggio lo adorano, presentando Yurika con concorrenza. Akito, tuttavia, non è interessato a nessuna delle ragazze, a causa del fatto che è impegnato a cucinare e cerca di far fronte a un trauma passato. Presto l'equipaggio scopre che i Rettili non sono ciò che appaiono e potrebbero avere più nemici di quanto si aspettassero.