Al convertirse en el nuevo gobernante de los Piratas Espaciales, Dark Samus lanza las meteóricas Phazon Seeds en tres planetas cruciales para la Federación Galáctica. Después de ser infectada por Phazon, Samus y sus compañeros cazarrecompensas se dispusieron a contrarrestar las fuerzas de Dark Samus con su propia arma y localizar el mundo de origen de Phazon.