Ao se tornar o novo governante dos Piratas Espaciais, Dark Samus lança Sementes Phazon meteóricas em três planetas cruciais para a Federação Galáctica. Depois de ser infectado por Phazon, Samus e seus companheiros caçadores de recompensas começaram a combater as forças de Samus Sombrio com sua própria arma e localizar o mundo de origem de Phazon.