El videoclip de "Stranger in Moscow" fue filmado por el director y fotógrafo Nick Brandt, el cantante ya trabajó con él en "Earth Song". Según la trama del rodillo incoloro, Jackson, quien no es reconocido por nadie, deambula por las calles bajo la lluvia, el mundo a su alrededor se mueve a un ritmo lento. También hay escenas de la vida de seis extraños, gente sencilla e igualmente solitaria. Aproximadamente en la mitad del video, todos salen bajo una fuerte lluvia; los críticos caracterizaron este momento como una especie de "acto de purificación", los personajes parecen haber ganado a través de él cierto sentido de comunidad y parentesco.