O videoclipe de "Stranger in Moscow" foi filmado pelo diretor e fotógrafo Nick Brandt, o cantor já trabalhou com ele em "Earth Song". Segundo a trama do rolo descolorido Jackson, aquele que não é reconhecido por ninguém, vagueia pelas ruas na chuva, o mundo ao seu redor se move em um ritmo lento. Há também cenas da vida de seis estranhos - pessoas simples e igualmente solitárias. Aproximadamente no meio do vídeo, todos saem sob forte chuva - a crítica caracterizou esse momento como uma espécie de “ato de purificação”, os personagens parecem ter adquirido por meio dele algum senso de comunidade e parentesco.