Il videoclip di "Stranger in Moscow" è stato girato dal regista e fotografo Nick Brandt, il cantante ha già lavorato con lui in "Earth Song". Secondo la trama del rullo incolore, Jackson, uno che non viene riconosciuto da nessuno, vaga per le strade sotto la pioggia, il mondo intorno a lui si muove a ritmo lento. Ci sono anche scene della vita di sei sconosciuti: persone semplici e altrettanto sole. Approssimativamente a metà del video, escono tutti sotto una forte pioggia - i critici hanno definito questo momento una sorta di "atto di purificazione", i personaggi sembrano aver acquisito attraverso di lui un senso di comunità e parentela.