El video musical de "Come as You Are" fue dirigido por Kevin Kerslake, quien se inspiró en la portada de Nevermind. El video muestra a la banda en una habitación oscura, donde la apariencia de agua que cae frente a la banda distorsiona y desdibuja los rostros de los miembros de la banda. A lo largo del video, se muestran clips como células que se multiplican a un ritmo increíble, a un organismo vivo en sus etapas embrionarias. El videoclip también muestra a Kurt Cobain columpiándose en una lámpara de araña en toda la habitación, y el agua comienza a fluir hacia la habitación. Además, el video muestra partes que involucran a un perro que lleva un collar cónico. Aparecen imágenes de un bebé nadando bajo el agua (una referencia a la portada de Nevermind) y una pistola flotando. Hacia el final, aparece un clip de la banda, con Cobain al frente, tirado en el suelo y besando a la cámara.