O videoclipe de "Come as You Are" foi dirigido por Kevin Kerslake, que se inspirou na arte da capa de Nevermind. O vídeo mostra a banda em uma sala escura, onde a aparência de água caindo na frente da banda distorce e embaça os rostos dos membros. Ao longo do vídeo, são mostrados clipes como células que se multiplicam a uma taxa incrível para um organismo vivo em seus estágios embrionários. O videoclipe também mostra Kurt Cobain balançando em um lustre em toda a sala, e a água começa a fluir para dentro da sala. Além disso, o vídeo mostra partes envolvendo um cachorro usando uma coleira de cone. Imagens de um bebê nadando debaixo d'água (uma referência à capa de Nevermind) e uma pistola flutuando aparecem. Quase no final, um clipe da banda aparece, com Cobain na frente, deitado no chão e beijando a câmera.