Il video musicale di "Come as You Are" è stato diretto da Kevin Kerslake, che ha tratto ispirazione dalla copertina di Nevermind. Il video mostra la band in una stanza buia, dove l'aspetto dell'acqua che cade di fronte alla band distorce e offusca i volti dei membri della band. In tutto il video, vengono mostrati clip come le cellule che si moltiplicano a una velocità incredibile, a un organismo vivente nelle sue fasi embrionali. Il video clip mostra anche Kurt Cobain che oscilla su un lampadario in tutta la stanza e l'acqua inizia a fluire nella stanza. Inoltre, il video mostra parti che coinvolgono un cane che indossa un collare a cono. Appaiono le immagini di un bambino che nuota sott'acqua (un riferimento alla copertina di Nevermind) e una pistola che galleggia. Verso la fine appare una clip della band, con Cobain davanti, sdraiato a terra e baciando la telecamera.