En la primavera, el estudiante Makoto Yuki se transfiere a la escuela secundaria Gekkoukan. Sin embargo, cuando se dirige a su nuevo dormitorio, escuchando la música en sus auriculares, se detiene. Más precisamente, el tiempo se ha detenido y las personas que lo rodeaban se convierten en ataúdes. Makoto descubre que este período de tiempo oculto entre el minuto de la medianoche se llama la Hora Oscura, un momento en el que aparecen los monstruos llamados Sombras. De repente convertido en el líder de sus compañeros de clase Yukari y Junpei por sus alumnos de último año Mitsuru y Akihiko, Makoto debe aprender la empatía, su conexión con sus camaradas y el significado de la muerte. Con el poder de su Evocador apuntado a su cabeza, Makoto lucha contra las Sombras que amenazan con atacar su mundo desde la misteriosa torre del Tártaro.