Na primavera, o estudante Makoto Yuki é transferido para a Gekkoukan High School. No entanto, ao se dirigir para seu novo dormitório, ouvindo música em seus fones de ouvido, ele é parado. Mais precisamente, o tempo parou e as pessoas que estavam ao seu redor viram caixões. Makoto descobre que esse período de tempo oculto entre o minuto da meia-noite é chamado de Dark Hour, um momento em que monstros chamados Shadows aparecem. De repente, feito líder de seus colegas Yukari e Junpei por seus veteranos Mitsuru e Akihiko, Makoto deve aprender a empatia, sua conexão com seus companheiros e o significado da morte. Com o poder de seu Evoker apontado para sua cabeça, Makoto luta contra as Sombras que ameaçam atacar seu mundo da misteriosa torre do Tártaro.