In primavera, lo studente maschio Makoto Yuki si trasferisce alla Gekkoukan High School. Tuttavia, mentre si dirige verso il suo nuovo dormitorio, ascoltando la musica con le cuffie, viene fermato. Più precisamente, il tempo si è fermato e le persone che gli stavano intorno si trasformano in bare. Makoto scopre che questo periodo di tempo nascosto tra il minuto della mezzanotte è chiamato l'ora oscura, un momento in cui compaiono mostri chiamati Ombre. Improvvisamente nominato leader dei suoi compagni di classe Yukari e Junpei dai suoi superiori Mitsuru e Akihiko, Makoto deve imparare l'empatia, la sua connessione con i suoi compagni e il significato della morte. Con il potere del suo Evocatore puntato alla testa, Makoto combatte contro le Ombre minacciando di attaccare il suo mondo dalla misteriosa torre del Tartaro.