Satoshi y sus amigos llegan al Centro Pokémon donde la máquina de transferencia Monster Ball ha estado causando problemas, ya que los Pokémon transferidos nunca terminan en el otro lado. Satoshi y sus amigos deciden acompañar a Porygon, un Pokémon computarizado, utilizado por el profesor Akihabara para investigar el problema, solo para descubrir que el Team Rocket y otro Porygon tienen la culpa.