Satoshi ei suoi amici arrivano al Centro Pokémon dove la macchina di trasferimento Monster Ball ha causato problemi, poiché i Pokémon trasferiti non finiscono mai dall'altra parte. Satoshi ei suoi amici decidono di accompagnare Porygon, un Pokémon computerizzato, utilizzato dal Professor Akihabara per indagare sul problema, solo per scoprire che la colpa è del Team Rocket e di un altro Porygon.