Satoshi e seus amigos chegam ao Centro Pokémon, onde a máquina de transferência Monster Ball tem causado problemas, já que o Pokémon transferido nunca termina do outro lado. Satoshi e seus amigos decidem acompanhar Porygon, um Pokémon computadorizado, usado pelo Professor Akihabara para investigar o problema, apenas para descobrir a Equipe Rocket e outro Porygon são os culpados.