Un apuesto joven llamado Tenjo Utena se traslada a la distinguida Academia Ohtori. Pero la verdadera identidad de Utena es en realidad una niña, que debido a cierto evento de su pasado, ha decidido travestirse para cumplir la más alta de las ambiciones. Pero en la Academia Ohtori conoce nada menos que a su antiguo amante, Kiryuu Touga, que lleva la Marca de la Rosa en el dedo, que es el signo de un duellista. Debido a que posee exactamente el mismo anillo, el vicepresidente del cuerpo estudiantil, Saionji Kyouichi, desafía a Utena a un duelo en el jardín de rosas flotante. El motivo de este duelo no es otro que la adquisición del cuerpo de la "Novia Rosa", pues con él llega el "poder de revolucionar el mundo".