Um belo jovem de nome Tenjo Utena é transferido para a distinta Academia Ohtori. Mas a verdadeira identidade de Utena é na verdade uma garota, que devido a um certo acontecimento de seu passado, decidiu se travestir para cumprir suas maiores ambições. Mas na Academia Ohtori ela conhece ninguém menos que seu antigo amante, Kiryuu Touga, que usa a Marca da Rosa em seu dedo, que é o sinal de um duelista. Por possuir exatamente o mesmo anel, Utena é desafiada pelo vice-presidente do corpo discente, Saionji Kyouichi, para um duelo no jardim de rosas flutuante. O motivo desse duelo não é outro senão a aquisição do corpo da "Noiva Rosa", pois com ela vem o "poder de revolucionar o mundo".