Un bel giovane di nome Tenjo Utena si trasferisce all'illustre Ohtori Academy. Ma la vera identità di Utena è in realtà una ragazza, che a causa di un certo evento del suo passato, ha deciso di travestirsi per soddisfare le più alte ambizioni. Ma alla Ohtori Academy incontra nientemeno che il suo vecchio amante, Kiryuu Touga, che indossa il Marchio della Rosa al dito, che è il segno di un duellante. A causa del suo possesso dello stesso identico anello, Utena viene sfidata dal vicepresidente del corpo studentesco, Saionji Kyouichi, a un duello nel roseto galleggiante. La ragione di questo duello non è altro che l'acquisizione del corpo della "Sposa Rosa", perché con esso arriva il "potere di rivoluzionare il mondo".