El sargento Keroro, un invasor alienígena con forma de rana, es capturado en el cumplimiento del deber por dos adolescentes japoneses mientras explora una invasión de la Tierra. Después de quedarse atrás cuando se aborta la misión, Keroro es acogido (con cierta desgana en todas las partes) por sus captores: Fuyuki Hinata, su hermana mayor Natsumi y su madre soltera Aki. Keroro rápidamente comienza a planear su regreso, planeando reunirse con sus compañeros de escuadrón anfibios (el voluble soldado Tamama, el brusco cabo Giroro, el travieso sargento mayor Kururu y el enigmático Dororo) y renovar su plan para conquistar la Tierra (o "Pekopon ", como lo llaman los invasores) ... cuando no se distrae construyendo maquetas de Gundam o con otros aspectos de la cultura terrestre.