O sargento Keroro, um invasor alienígena parecido com um sapo, é capturado no cumprimento do dever por dois adolescentes japoneses enquanto procurava uma invasão da Terra. Depois de ser deixado para trás quando a missão é abortada, Keroro é levado (com alguma relutância em todas as partes) por seus captores: Fuyuki Hinata, sua irmã mais velha Natsumi e sua mãe solteira Aki. Keroro rapidamente começa a planejar seu retorno, planejando se reunir com seus companheiros anfíbios (o mercurial Soldado Tamama, o rude Cabo Giroro, o travesso Sargento Major Kururu e o enigmático Dororo) e renovar seu plano de conquistar a Terra (ou "Pekopon ", como os invasores chamam) ... quando ele não está se distraindo com a construção de kits de maquetes Gundam, ou por outros aspectos da cultura terrestre.