Il sergente Keroro, un invasore alieno simile a una rana, viene catturato in servizio da due adolescenti giapponesi mentre è alla ricerca di un'invasione della Terra. Dopo essere stato lasciato indietro quando la missione viene interrotta, Keroro viene accolto (con una certa riluttanza da tutte le parti) dai suoi rapitori: Fuyuki Hinata, sua sorella maggiore Natsumi e la loro mamma single Aki. Keroro inizia rapidamente a pianificare il suo ritorno, tramando di riunirsi con i suoi compagni di squadra anfibi (il mercuriale privato Tamama, il burbero caporale Giroro, il malizioso sergente maggiore Kururu e l'enigmatico Dororo) e rinnovare il loro piano per conquistare la Terra (o "Pekopon ", come lo chiamano gli invasori) ... quando non viene distratto dalla costruzione di modellini di Gundam o da altri aspetti della cultura terrestre.