A mediados del siglo XXI, la humanidad colonizó los océanos y formó la UEO, los océanos de la Tierra Unida, como una organización militar para vigilarla. Ex miembro de alto rango de la UEO, Nathan Bridger se retiró después de la muerte de su esposa y se retiró a una isla aislada para estudiar a los delfines. Se intenta secuestrar el Seaquest DSV, el buque submarino más poderoso de la UEO, y Nathan, su diseñador original, está convencido de volver al servicio activo para asumir el mando. Su segundo al mando es Cmdr. Jonathan Ford. En la segunda temporada, DSV agregó a Dagwood, un prototipo de GELF (Forma de vida genéticamente diseñada), Tony Piccolo, un hombre con branquias implantadas quirúrgicamente, y la Dra. Wendy Smith, una telépata / empática, a su equipo de especialistas. La serie tiene inclinaciones de la Nueva Era, a menudo presenta historias que tratan sobre problemas ambientales o mezclan mitos y misticismos - desde fantasmas hasta "dioses" - en su ciencia ficción.