Em meados do século 21, a humanidade colonizou os oceanos e formou a UEO - United Earth Oceans - como uma organização militar para policiá-la. Anteriormente um membro de alto escalão da UEO, Nathan Bridger se aposentou após a morte de sua esposa e se retirou para uma ilha isolada para estudar golfinhos. É feita uma tentativa de sequestrar o Seaquest DSV, o navio submarino mais poderoso da UEO, e Nathan - seu projetista original - é convencido a retornar ao serviço ativo para assumir o comando dele. Seu segundo em comando é o comandante. Jonathan Ford. Na segunda temporada, o DSV adicionou Dagwood, um protótipo GELF (Geneticamente Engineered Life Form), Tony Piccolo, um homem com guelras implantadas cirurgicamente, e a Dra. Wendy Smith, uma telepata / empata, à sua equipe de especialistas. A série tem tendências da Nova Era, muitas vezes apresentando histórias que tratam de questões ambientais ou misturam mitos e misticismo - de fantasmas a "deuses" - em sua ficção científica.