Entro la metà del 21 ° secolo, l'umanità ha colonizzato gli oceani e formato l'UEO - gli Oceani della Terra Unita - come organizzazione militare per controllarli. Un tempo membro di alto rango dell'UEO, Nathan Bridger si ritirò dopo la morte di sua moglie e si ritirò su un'isola isolata per studiare i delfini. Si tenta di dirottare la Seaquest DSV, la nave sottomarina più potente dell'UEO, e Nathan - il suo progettista originale - è convinto di tornare in servizio attivo, per assumerne il comando. Il suo secondo in comando è il Cmdr. Jonathan Ford. Nella seconda stagione, il DSV ha aggiunto Dagwood, un prototipo di GELF (Genetically Engineered Life Form), Tony Piccolo, un uomo con branchie impiantate chirurgicamente e la dottoressa Wendy Smith, un telepate / empatico, al suo equipaggio di specialisti. La serie ha tendenze New Age, spesso presentando storie che trattano questioni ambientali o mescolano mito e misticismo - dai fantasmi agli "dei" - nella sua fantascienza.