Ambientada después del surgimiento del Imperio Ashina en el Japón de la Era Sengouku de 1500. Sekiro sigue la historia de Wolf, un Shinobi encargado de proteger a Kuro, un joven señor de misterioso linaje con el que fue separado después de ser dado por muerto, mientras la tierra de Ashina comienza a caer en manos de sus enemigos.