Después de más de cuatrocientos años de guerra entre los guerreros Shinobi de los clanes Manjidani Koga y Tsubagakure Iga, Lord Hattori Hanzou decreta que deben vivir en paz. Ambos clanes viven escondidos en el bosque y la montaña sin enfrentamientos y sin entrenar ninjas en el arte de las sombras de Shinobi. En 1614, el Señor de los Señores está convencido de que los clanes son amenazas peligrosas para mantener la paz en sus tierras, y su consejero trama un plan maquiavélico para destruir a sus mejores guerreros en una contienda. Mientras tanto, el joven Iga Oboro y Koga Gennesuke se enamoran el uno del otro. Cuando la abuela de Oboro y líder del clan Iga, Ogen, y el padre de Gennesuke y líder del clan Koga Danjo se matan entre sí, Oboro y Gannesuke deben liderar a sus guerreros en la batalla final de los clanes Shinobi.