Han pasado tres años desde el incidente de Outer Heaven. El gobierno de Estados Unidos ha reunido información de inteligencia de que un grupo terrorista desconocido ha secuestrado un barco lleno de versiones producidas en masa de Metal Gear, el "arma de destrucción del diablo". Además, se dice que el líder terrorista tiene un nuevo prototipo de Metal Gear escondido dentro de su base principal, que se rumorea que es siete veces más poderoso que el original. La unidad FOXHOUND trae de vuelta a Solid Snake, el saboteador responsable de destruir el Metal Gear original hace tres años, para liderar una nueva misión peligrosa llamada "Operación 747". Con la ayuda de otros miembros de FOXHOUND, John Turner y Nick Myer, y Jennifer, un ex miembro de la resistencia de Outer Heaven, Snake debe neutralizar la actividad terrorista y enfrentarse cara a cara con el líder enemigo ... su ex comandante , Big Boss.