El Dr. Ivo Robotnik está de vuelta y ha liberado Chaos Zero de Master Emerald. Chaos Zero vigila el Santuario Master Emerald en Angel Island. Ahora quiere usar Chaos Zero para destruir Station Square y construir "Robotnikland". El caos puede volverse más fuerte con cada Chaos Emerald que "come". Cuando obtiene los 7, todo termina ... pero no mientras Sonic esté cerca. Junto con Tails, Amy, Knuckles y los nuevos personajes E-102 Gamma y Big The Cat, Sonic debe salvar Station Square en su mayor aventura hasta el momento.