Il dottor Ivo Robotnik è tornato e ha rilasciato Chaos Zero da Master Emerald. Chaos Zero veglia sul Santuario del Maestro Smeraldo su Angel Island. Ora vuole usare Chaos Zero per distruggere Station Square e costruire "Robotnikland". Il Caos può diventare più forte con ogni Chaos Emerald che "mangia". Quando ottiene tutti e 7, è tutto finito ... ma non mentre Sonic è in giro. Insieme a Tails, Amy, Knuckles e ai nuovi personaggi E-102 Gamma e Big The Cat, Sonic deve salvare Station Square nella sua avventura più grande.