Sonic the Hedgehog descubre que su mejor amigo Miles "Tails" Prower ha sido asesinado por un terrible monstruo malvado. Poco después, recibe un paquete por correo que incluye una carta y un disco que contiene un juego con la etiqueta "SONIC.EXE". Sonic decide jugar el juego, juega como Tails, Knuckles y Robotnik y uno por uno es asesinado por una versión malvada de sí mismo. Después de terminar el juego, pronto se da cuenta de que la versión malvada de sí mismo del juego había llegado a su mundo y mató a Tails y ahora está detrás de él.
