Sonic the Hedgehog scopre che il suo migliore amico Miles "Tails" Prower è stato ucciso da un terrificante mostro malvagio. Subito dopo gli viene spedito un pacco per posta che include una lettera e un disco che contiene un gioco etichettato "SONIC.EXE". Sonic decide di giocare, gioca come Tails, Knuckles e Robotnik e uno per uno viene ucciso da una versione malvagia di se stesso. Dopo aver finito il gioco, si rende presto conto che la versione malvagia di se stesso del gioco era entrata nel suo mondo e ha ucciso Tails e ora gli sta dietro.