Sonic the Hedgehog descobre que seu melhor amigo Miles "Tails" Prower foi morto por um terrível monstro do mal. Em seguida, ele recebe um pacote pelo correio que inclui uma carta e um disco que contém um jogo chamado "SONIC.EXE". Sonic decide jogar o jogo, ele joga como Tails, Knuckles e Robotnik e um por um é morto por uma versão maligna de si mesmo. Depois de terminar o jogo, ele logo percebe que a versão maligna de si mesmo do jogo entrou em seu mundo e matou Tails e agora está atrás dele.
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