En 2199, cinco años después de que los Gamilas lanzaran ataques a la Tierra, el planeta fue devastado por las bombas de radiación de los alienígenas y los restos de la humanidad se trasladaron bajo tierra. Un día, el ex piloto Susumu Kodai descubre una cápsula de mensaje enviada desde el planeta Iskandar que habla de un dispositivo que puede eliminar la radiación de la superficie de la Tierra. Las Naciones Unidas para la Administración del Espacio reconstruyen el acorazado Yamato, con un nuevo tipo de sistema de propulsión: el Wave Motion Engine. Esto le permite hacer el largo viaje a Iskandar y regresar con la esperanza de salvar la Tierra. Dentro de 73 días, la radiación llevará al resto de la humanidad a la extinción y los Gamilas habitarán la Tierra.