Em 2199, cinco anos após o lançamento dos ataques Gamilas na Terra, o planeta foi devastado pelas bombas de radiação dos alienígenas e os restos da humanidade moveram-se para o subsolo. Um dia, o ex-piloto Susumu Kodai descobre uma cápsula de mensagem enviada do planeta Iskandar que fala de um dispositivo que pode remover a radiação da superfície da Terra. A Organização das Nações Unidas para o Espaço reconstrói o encouraçado Yamato, com um novo tipo de sistema de propulsão - o Wave Motion Engine. Isso permite que ela faça uma longa viagem até Iskandar e volte na esperança de salvar a Terra. Em 73 dias, a radiação levará o resto da humanidade à extinção e os Gamilas habitarão a Terra.