Nel 2199, cinque anni dopo che i Gamilas lanciarono attacchi sulla Terra, il pianeta è stato devastato dalle bombe radioattive degli alieni e i resti dell'umanità si sono spostati sottoterra. Un giorno, l'ex pilota Susumu Kodai scopre una capsula di messaggi inviata dal pianeta Iskandar che racconta di un dispositivo in grado di rimuovere le radiazioni dalla superficie terrestre. L'amministrazione delle Nazioni Unite per lo spazio ricostruisce la corazzata Yamato, con un nuovo tipo di sistema di propulsione: il Wave Motion Engine. Ciò le consente di fare il lungo viaggio verso Iskandar e tornare indietro nella speranza di salvare la Terra. Entro 73 giorni, le radiazioni guideranno il resto dell'umanità all'estinzione e i Gamila abiteranno la Terra.